Problém s nastavením flashe je v Compizu. Řešením je buď k nastavení použít non-Compiz sezení (tedy LXDE, Xfce, GNOME Shell, GNOME Classic-no effect nebo do 12.04 přístupné Ubuntu 2D), případně použít novější Flash, který je ovšem k dispozici jen jako modul dodávaný s Google Chrome, používající nové API.
Vzhledem k tomu, že vývoj Flash pro Linux již neprobíhá, tedy probíhá, ale pouze pod novým API (od Googlu), tak se budou muset linuxové prohlížeče do budoucna buď flashe úplně vzdát nebo adoptovat nové API, ale s tou adopcí nového API to zatím nevypadá slavně, protože ani projekt Chromium ho zatím nepřijal. Důvodem bude pravděpodobně fakt, že by potom musel být s prohlížečem dodáván i proprietární Flash, kterého se většina vývojářů chce spíš zbavit než ho podporovat.