Tohle se nikde nastavovat nebude, to bude nějaký bug. To, kde a jak bude fungovat kolečko myši si řídí samotné aplikace skrz toolkit, na kterém jsou postaveny (v tomto případě GTK, na kterém naopak FF nejede). Unity by sice mohlo globálně blokovat signál z X11, který by se tak nedostal k aplikaci, ale těžko to bude nějaký úmysl.