Aby se Synapse spouštěl po stratu systému, musíš si to v jeho nastavení zaškrtnout, stejně tak si tam můžeš změnit výchozí klávesovou zkratku. Synapse tedy celou dobu běží, jen v případě potřeby vyvoláš klávesovou zkratkou jeho okno. Umí zobrazovat i indikátor v panelu.
Pokud ti nefunguje Alt+F2 a používáš panel s efekty, tedy compizem, tak to jde nastavit v CCSM, v pluginu Gnome Compatibility.