A zkoušel jsi ty vytvářecí SW spouštět jako správce? To bylo totiž u většiny SW, které pracují s vytvářením bootsectoru, a s kterými jsem v minulosti pracoval, nezbytné.
Kdyby to v tom nebylo, tak bych to viděl na BIOS a zkusil bych na USB doinstalovat jiný zavaděč.
Neviem ktoré ubuntu máš na mysli, ale tvorca štartovacieho disku/usb-creator-gtk vUbu12.04 spustím ako obyčajný smrteľník.
Avšak pri formátovaní usb to chce heslo a aj nakoniec pri inštalácii mbr to chce heslo. Z toho vyplýva, že s tvojou poznámkou si dovolím nesúhlasiť!
UNetbootin sa mi už nechce sťahovať, ale tuším, že tam sa mi to stalo tiež.
Robia to blbovzdorné, takže tam by som problém nehľadal.

edit: aj keď nejakú habaďúru sa mi podarilo dostať na usb len s UNetbootin, ale to je iný príbeh.