To se řeší hlavně přístupovými právy.
Pokud je nějaký adresář nebo soubor v domovské složce v jiné skupině, třeba root, pak je vlastníkem také root. Změnou vlastnictví takovýchto adresářů a souborů nezměníme funkčnost, ale snížíme bezpečnost. Pak se tazatel musí rozhodnout co chce, bezpečný ale nefunkční systém nebo funkční systém s trochu sníženou bezpečností.
A když si představím, že např adresář "~/.gvfs" bude ve vlastnictví uživatele a skupině root, běhá mi mráz po zádech.
Prostě se domnívám, že
sudo chown -R uzivatel:uzivatel /home/uzivatel/udělá méně škody než
sudo chown -R uzivatel /home/uzivatel/