Řešení nemám, zkušenost ano. Pokusil jsem se o totéž u 14.10 i u 16.04 (před pár dny), ale bez úspěchu. Šifrovaný disk (instalace) se povedla, šlo instalovat, aktualizovat, pracovat s daty - do prvního vypnutí. Neuspávám, nehibernuji, vypínám. Při novém spuštění se systém sice otázal na odemykací heslo, zahlásil že je disk odemčen (crypt set up succesfully), a tím to skončilo - tma a kurzor. Nic víc.
Přitom běžná instalace na to samé železo, nebo instalace se zakódováním jen home adresáře, funguje naprosto bez problémů. Takže, opatrně s tím.
edit když se den nachýlil k půlnoci: nikoli Lubuntu, ale Ubuntu 14.04 zdá se, konečně drží i po vypnutí.