Už si to moc nepamatuji, ale existoval nějaký soft/ovladač LPT, s kterým ty aplikace pod XP chodily (souvisí to s fyzickým a virtuálním přístupem k LPT) zkus googlit =)
Pod linuxem nevím, ale něco je přímo v repozitářích (zkus v Synapticu hledat atmel). Nevím, jaké atmely chceš používat?
Já používám "staré dobré x51" a krmím je z FreeDOSu (mám ELNEC) =)