Upgrade většinou skončí špatně. Udělej čistou instalaci (/home můžeš zachovat, pokud ho máš zvlášť).
Pokud to chceš přesto zkusit, nejprve si systém zazálohuj, ať se v případě neúspěchu můžeš vrátit zpět.
A ano, upgrade by měl všechny nainstalované aplikace zachovat, maximálně dojde k jejich aktualizaci na nové verze.