Mrzí mně, že je dotaz zmatený. Pokusím se popsat jasněji. Pro vyřešení problému jsem instaloval kde co ve Virtuálu. Ubuntu MATE, Xubuntu, Debian MATE, Debian Xfce4 a u všech těchto instalací ať v Ubuntu nebo Debianu je problém stejný.
Všechny soubory ve FM Caja když zadám "vlastnosti", tak tam majíTyp složka (inode/directory)
což je společně odlišuje od souborů v jiných FM, např. Thunaru, kde tento problém není, ani výše uvedený typ složky. Výsledkem je, že když zadám soubor z FM Caja nebo Thunaru do terminálu stav, který jsem popsal v zadání otázky.
Myslím, že toto je jádro problému, který neumím odstranit. Přitom instalaci provádím naprosto stejně, soubary v Caja a Thunaru se takto liší.