Zdar,
v tom skriptu máš chybu – je potřeba použít absolutní cestu, tedy „/root/MAIN/server“ místo „root/MAIN/server“.
A „uzamknout uživatele v jeho domovském adresáři“ je nesmysl – jak by si třeba vypsal obsah adresáře, když by ve svém domovském adresáři neměl „ls“? Do základních systémových adresářů a ke spouštěným programům uživatelé stejně přístup potřebují. Spíš bych doporučil/a uzamknout právy přístup do domovských adresářů ostatních uživatelů a všude jinde, kam nechceš, aby se dostali (např. do /media).
Nemyslím, že najdeš linuxový server, kde by nějaký uživatel nemohl příkazem „cd /“ přejít do kořenového adresáře...
Pokud máš na mysli, že nechceš, aby jinam zapisovali, do /tmp a /var jim stejně přístup k zápisu musíš nechat (mnohé programy to vyžadují), ale do většiny systémových adresářů budou mít přístup jen pro čtení už ve výchozím nastavení.