Co mě udivuje je to, že se nově spuštěná aplikace (v tomto případě VLC) nespustí jako obvykle navrchu - to je dle mě nestandardní chování a v tom bude zakopaný pes.
Tady lze zase zkusit pohledat terminálový parametr, který VLC spustí navrchu - ten bude nejspíše generální linuxový a nikoliv interní VLC.
To je naopak léta standard, přinejmenším v Ubuntu, začali s tím už s Unity na Compizu, na GS to pokračuje. Má to zamezit nechtěnému překrytí aktivního okna novým bez účasti uživatele. Hodit se to může ve chvíli, kdy zrovna píšeš text a zobrazí se dialog, zda chceš restartovat systém, načež ho nějaká klávesa nechtěně potvrdí, to se mi jednou stalo. Ovšem v 99% případů je to u mě naopak, takže to přenastavuju. V Compizu byla volba, v GS taková volba není a musí se použít rozšíření.
Co se týká ovlivnění toho, zda bude okno navrchu, dá se to přes správce oken, na X11 se dá použít příkaz
wmctrl, na Waylandu už to takto jednoduše nejde.