Mám jen drobnou zkušenost s NextCloudem, ale první bych se podíval na nastavení webserveru (Apache nebo Nginx?) a PHP (FPM pool?). Určitě jako první bych zjišťoval, kde je úzké hrdlo. Tipnul bych to na obecný problém ne specifický pro NextCloud, takže nějaký povolený počet spojení/procesů, paměťové limity v PHP, limit na upload na jedno spojení apod.