Tak že by přeci jen ta práva? V /home stačí oprávnění uživatele, jinde musí být práva root. Nebo se mýlím?
S tím rootem určitě ne, problém musí být v něčem jiném. Ale nejprve je potřeba začít rozlišovat mezi spouštěči (*.application) a skripty (*.sh), protože každý z nich může v GUI fungovat jinak.
U skriptu je potřeba zjistit vlastnictví. Pokud je vlastníkem skriptu jiný uživatelský účet než ten, pod kterým se uživatel snaží skript spustit, je potřeba to zvlášť ošetřit. Také je třeba ověřit, že cílový uživatelský účet má přístup do adresáře, kde je skript uložen (což ale v tomto případě zřejmě platilo).
Vtip je v tom, že když obyčejný uživatel (ne-root) zkopíruje soubor z jednoho adresáře do druhého, automaticky tím přebere vlastnictví na sebe, takže by v podstatě stačilo skript zkopírovat o adresář vedle, původní smazat, přesunout kopii nazpět a mohl by začít fungovat.