Ako spúšťaš beryl? Ak príkazom "beryl", tak vyskúšaj stlačiť alt+f2 a napísať príkaz "beryl-manager"... (aby sa ti ten emerald aj spustil)
Poprípade ešte pravé tlačidlo myši na ikonu beryl-manager, select window manager a označ beryl (pre istotu, neviem, či máš)