Jak předpokládám, nemáte aktualizované slovníky. V OOo jsou sice slovníky nainstalované, ale je občas aktualizovat na vyšší verzi.
Spusťte textový editor Writer a ze Soubor→Průvodci, vyberete Instalovat nové slovníky. Nikoiv v menu Ubuntu, ale OOo. Dejte česky a postupujte podle průvodce, nic to není.
Píšete, že v .txt kontorla běží správně. Zkuste uložit soubor do .odt, což je standartní formát OOo a zkuste kontrolu pravopisu, já myslím, že to půjde. Pokud ukládáte dokumenty v .doc nebo kopírujete z MS Office, tak se stává, že si to některé věci přtáhne z MS Office a pak se to může hádat mezi sebou.