Tak jsem se v tom trochu víc vrtal. Sound Juicer využívá skutečně gstreamer - což je podle mě dost jeho slabina. Využívá roury přes jednotlivé pluginy gstreameru. Když jsem koukal do dokumentace gstreameru, nepodařilo se mi najít, jak roury měnit a co vlastně snesou. Vrtat jsem se v tom začal hlavně proto, že jsem si chtěl nastavit vlastní hodnoty u kódování do oggu a do flacu. Jen u oggu jde kloudně měnit kvalita, jinak tedy nic moc. Navíc, nevím, jak to plugin flacenc dělá, ale flac skladba jím kódovaná se neuvěřitelně liší od skladby kódované čistě flacem - 11,9MB flacenc, 27,1MB flac (což je dost podezřelé, takový rozdíl...)
Prostě ač je Sound Juicer fajn rychlej nástroj na grabování, nastavit v něm něco navíc je docela peklo. Tak jsem se poohlédl jinde a vyhrál KaudioCreator z KDE - ten v konfiguraci používá u jednotlivých kodeků jejich nativní příkazy z komandlajny (stačí mrknout do man příslušného kodeku a už nastavujete)...
Wav pak chodí bez problémů, stejně tak jiné kodeky, takže s nejvyšší pravděpodobností je prostě po upgradu chyba někde v definicích těch rour do gstreameru nebo prostě v komunikaci s ním obecně.