Teoreticky prostě můžete "natvrdo" smazat složku C:\ubuntu (nebo kde to máte) a pak si opravit soubor zavaděče Windows, aby se tam Ubuntu neobjevovalo (to ale netuším, jak udělat, že by boot.ini? ale vážně nevím).
Tak oprava, už jsem to našel:
Remove C:\ubuntu (C:\wubi in 7.04) and C:\wubildr*.
In Windows XP you need to edit C:\boot.ini and delete the Ubuntu/Wubi line. For Vista, you can use EasyBCD to edit the boot menu. Alternatively you can modify the boot menu via control_panel > system > advanced > startup_and_recovery and pressing "Edit". For Windows 98 you have to edit C:\config.sys, and remove the Wubi block.
To remove Wubi from the add/remove list, delete the registry key: HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\Wubi
(Jestli neumíte anglicky, tak vám to klidně přeložím)