Tak jsem po problému pátral a našel konečně řešení. V Gnome se dá nastavit aby se aplikace spouštěli poze při spuštění Gnome editací jednotlivých souborů pro spuštění aplikace v ~/.config/autostart. V souboru stačí připsat řádek "OnlyShowIn=GNOME;" a aplikace se bude spouštět jenom v Gnome. Nebo "OnlyShowIn=KDE;" a aplikace se bude spouštět zase jenom v KDE.