Můj dojem je tento: některé PDF dokumenty obsahují české znaky jako celistvé znaky (asi v UTF). Některé jiné dokumenty ale obsahují diakritiku jen jako dodatečně "nakreslené" značky nad písmenka. To umožňuje v Latexu k libovolnému písmenku nasázet třeba značku diakritiky, vektoru a operátoru najednou. Pak ale je Evince zmaten při označování.
Znám to a nevím, jak to řešit, kromě OCR. Jiné prohlížeče PDF (tj. Acroread, Foxit reader, KPDF...) nepomůžou?