Tak ať ti s tím poradí ten "kamoš".
Mám pocit, že pořád nechápeš v čem je tvůj problém: jestli máš "zavirovaný" php nebo html soubory, tak musíš předně odvirovat ty Widle, ze kterejch ti tam někdo leze a ty javascriptový přílepky, který ti to tam natahalo, prostě ručně v editoru odstranit, případně obnovit ze zálohy "čistý" soubory, případně si napsat script, kterej ti je odstraní hromadně.
Osobně neznám nikoho, kdo by na Ubuntu provozoval antivir a asi tu takovejch lidí moc nebude.
A krom toho formulace typu
když si dám nějákej soubor na USB a zkusím otevřít v voknach tak okna řvou
jsou úplně k ničemu: jaký soubor? Co je uvnitř toho souboru? Co řvou ta Wokna?