Na kazdej masine s dualbootom to takto robim. Disk rozdelim na 4 casti (Win, Ubu, swap, Data), kde Win a Data su NTFS, Ubu je ext4. Bez problemov to slape, ak sa chces zbavit nejakych dalsich nastavovani v Ubuntu (neviem ako to je v poslednej 10.04, ale predtym disk nemountovalo automaticky), tak nainstaluj balik ntfs-config. Disky s NTFS formatom sa pripoja ihned a mas vystarane...
O ziadnych problemoch Ubuntu s NTFS neviem, pracuje to takto uplne bezchybne.