To nevím, teoretická možnost je ta, že se při instalaci přehodí značení disků, to je takový ošidný problém u PC kde jsou IDE disky kombinovány se SATA. U IDE je jednoznačné, který je sda, je to vždy 1. master disk, ale se SATA to jednoznačné není. Nevím jestli by mohl být problém v tom, že systém instaluješ z USB disku, ale pravděpodobně jo. Nezkoušel jsi se na ten bootsektor mrknout testdiskem, jak je uvedeno v návodu v tom vlákně cos dal?