No doufám, že jsem správně pochopil váš problém. V prvé řadě bych vás rád požádal, abyste si přečetl návod
Jak se správně ptát. Pokud se těmito několika jednoduchými pravidly budete řídit, velmi tím usnadníte práci nám, kteří se vám pokusíme odpovědět.
Když cokoli stahujete máte vždy možnost zvolit, kam se to má stáhnout a to i vpřípadě, pokud používáte příkaz
wget.
To, že nemáte právo zapisovat/spouštět v systémových složkách počítače je dáno tím, že v linuxu (a ve všech unixových systémech) je striktně oddělana funkce uživatele a administrátora (root), vy máte práva pouze ve své složce (/home) a ostatní složky může měnit a administrační úkoly provádět pouze administrátor.
Více
zde.
Váš problém vyřešíte buď nakopírováním stažených souborů do vaší složky (na to oprávnění máte), případně je tam můžete rovnou přesunout a to nejlépe přes příkazovou řádku příkazem
sudo mv "zdroj" "cíl"