zkusil bych několikrát alt+tab (kvůli focusu), případně změnit velikost okna. Co se týká chrome, tak ten má vždy aktuální flash player, tedy pokud máš aktuální chrome...
Flashplayer se instaluje přes centrum softwaru, případně můžeš ručně, třeba i použít flashplayer z dílny mintu (mint flashplugin, ale musel by si mít v /etc/sources.list jejich repozitář), že se ti podařila instalace přes webový prohlížeč jako ve windows je pro mne záhada.
Standardně bys měl v dnešní době již používat 64 bitový flashplayer, je možné, že tvá verze je 32 bitová.