Uf..Já sice nejsem na slovo vzatý, ale asi si pleteš několik pojmů. Pulseaudio běží tak nějak nad alsou, gnome-alsamixer a xfce4-mixer, potažmo nějaký další *mixer budou zastávat tu stejnou funkci. Nekompatibilita mezi wine a pulseaudiem, nebo spíš ten fakt, že vývojáři wine pulseaudio prostě ignorují, myslím zmizela od verze 1.5 (alespoň u mně, i když už jsem několik dlouhých měsíců nic pod wine nespouštěl). Teoreticky by ti mělo stačit zrušit respawn pulseaudia a před tím, než si spustíš nějakou aplikace pod wine killnout pa, po skončení ho zase nahodit...
Moje rada je jednoduchá - vrať všechny změny do původního stavu, změň zvukový server pro wine pomocí winetricks, nebo si nainstaluj starší verzi wine a zamkni ji, nebo zkus play on linux...Protože tvůj problém se zvukem se týká jenom wine, není úplně nejvhodnější řešení provádět ručně změny, které pak platí pro celý systém. Problémy se mohou objevit hned u další aktualizace.