Problém vyřešen, i když nechápu příčinu.
Popsaný problém byl s VLC, který jsem instaloval přes "klikací" Ubuntu Software.
Když jsem provedl instalaci v terminálu
sudo apt update
sudo apt-get install vlc
Tak mám nainstalované dva VLC a ten druhý již vidí adresáře, linky i soubory, jak má.
To já zase příčinu chápu. Ten klikací Ubuntu Software upřednostňuje instalaci snapů. Takže aniž bys to tušil, nainstaloval sis
snap verzi VLC.
A tyto verze mají tu vlastnost, že standardně (strict confinment) "nevidí" jiné adresáře než ve tvé domovské složce.
Je to prý z důvodu bezpečnosti...Lze to ale obejít tak, že ten snap odinstaluješ a pak ho nainstaluješ znova s parametrem
--classicsudo snap remove vlc
sudo snap install vlc --classic
Ovšem lepší je pokud možno snapy (tento novodobý mor) nepoužívat a instalovat klasicky přes
apt, tj. tak jak jsi to nakonec vyřešil ty.
Nicméně nyní tam máš VLC nainstalované dvakrát. Takže ještě tu snap verzi odinstaluj:
sudo snap remove vlc
Dále je zcela jisté, že si to tam natahalo další "pomocné" snapy o značné velikosti (cca 1GB)
wine-platform-runtime
wine-platform-5-stable
gnome-3-28-1804
gnome-3-34-1804Těch se zbav taky. A konečně, není jasné, jaké další aplikace tam máš jako snap nainstalované (aniž bys o tom věděl)...

Výpis všech nainstalovaných snapů:
snap list
Pokud se pak chceš v budoucnu automatické instalaci snapů úplně vyhnout:
sudo snap remove snap-store
sudo apt-get remove gnome-software-plugin-snap
sudo apt-get remove gnome-software-plugin-flatpak
Samozřejmě i potom bude možné snapy instalovat/používat. Ale už výhradně s tvým vědomím:
sudo snap install <package_name>