Ano, skutečně to stačí pouze zkopírovat, ovšem je třeba současně "dodržet" i vlastníka/práva souborů (různé aplikace jsou na to různě "citlivé", ale to už nyní víš...)
To lze nejjednodušeji "zařídit" např. pomocí
rsync s přísl. parametry. Pak jsou původní vlastnictví/práva popř. další parametry (např. timestampy atd.) zachovány.
Ovšem ani to nemusí stačit, pokud se uživatel na novém systému jmenuje jinak (jiný název uživ. účtu). Pak se totiž takto přenesené složky/soubory pochopitelně jeví jako "cizí".
V tom případě je nutno (po zkopírování) nastavit vlastnictví/práva (rekurzivně) na nového vlastníka (uživatele).
Není to nic světoborného, stačí na to klasický
chown/chmod.
Bohužel v určitých případech (wine, plo) ani takto nastavená práva nestačí. Protože jak známo, "windowsí" vlastnictví/práva nejsou s těmi unixovými kompatibilní.
Pak by bylo nutno přenášet nastavení registru (regedit) původního do nového (export/import).
Regedit spustíš příkazem
wine regedit. Export/import určité větve pak probíhá stejně jako v OS Windows (=export do souboru *.reg atd.).
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
P.S. Tohleto "kopírování" se zásadně provádí offline (z live) a pomocí
rsync viz výše...
Tím zajistíš mimo jiné, že zdrojové soubory budou "out of use" a tím pádem nebude nic bránit jejich otevření/kopírování...