Já používám na zálohu skrytých adresářů a souborů toto.
rsync -av --include=".*" --exclude=pepa/* $HOME /media/"Disk 200 GB"/zaloha
Místo "pepa" svoje jméno a místo "Disk 200 GB" váš disk kam chcete zálohovat.Pokud máte disk označený jako já s mezerami,musí být v uvozovkách " . Adresář "zaloha" se sám vytvoří.
Disk kam zálohujete musí být připojený.