Balíky ubuntu-desktop, atp. jsou tzv. metabalíky, které nic neobsahují, ale mají v závislostech vše, co potřebují dané desktopy, tedy ubuntu-desktop samozřejmě zahrnuje i Unity. Na samotném metabalíku ale nic nezávisí (maximálně nějaký jiný metabalík typu edubuntu-desktop), takže jeho odinstalací se ze systému neodinstaluje nic jiného, možná pár kousků pomocí apt-get autoremove.
Příkaz, který odinstaluje Unity, by mohl vypadat zhruba takto (nedělal jsem ho sám, ale kontroloval jsem, co odebere a vypadalo to OK, přidal jsem jen libreoffice):
sudo apt-get autoremove --purge unity unity-common unity-services unity-lens-* unity-scope-* unity-webapps-* gnome-control-center-unity hud libunity-core-6* libunity-misc4 libunity-webapps* appmenu-gtk appmenu-gtk3 appmenu-qt* overlay-scrollbar* activity-log-manager-control-center firefox-globalmenu thunderbird-globalmenu libufe-xidgetter0 xul-ext-unity xul-ext-webaccounts webaccounts-extension-common xul-ext-websites-integration libreoffice*
Samozřejmě to neodebere všechny Ubuntu/GNOME aplikace, ale třeba Nautila ano. Vždy je lepší udělat čistou instalaci rovnou s prostředím, které chceš, nebo jít přes ten Minimal, kde si vybereš v instalátoru (textovém), co přesně chceš za software.